Najpotężniejsi Shugejna Rokuganu. Inne klany mają swoich shugenja, specjalizujących się w pewnych obszarach, ale tylko Isawa specjalizują się we wszystkim. Żaden inny klan nie ma tylu magów, i z całą pewnością nie tak potężnych. Mówi się, że Isawa był najpotężniejszym śmiertelnikiem, jaki kiedykolwiek chodził po świecie. To jego brat wymyślił jako pierwszy magię, ale to Isawa stał się jej pierwszym mistrzem. Wszyscy późniejsi Shugenja uczyli się od Feniksów i szkoły wszystkich pozostałych klanów wywodzą się od nich.
Feniksy są dosyć tajemniczym klanem. Ich górzyste terytorium skrywa wiele sekretów. Są również najbardziej religijnym klanem. To oni pierwsi czcili Fortuny, oni również studiowali nauki Shinseia. To Shiba spisał Tao Shinseia, którego oryginalny tekst ukryty jest gdzieś na ziemiach klanu. Mało kto jest w stanie nadążyć za Feniksami w dysputach teologicznych, co często wykorzystują dyplomaci tego klanu. Feniksy słyną też z pacyfistycznego podejścia do świata, trudno jest ich zmusić do walki i często przypomina się, że próbowali oni negocjować nawet z Iuchibanem. To sprawia, że inne klany często lekceważą Feniksy i postrzegają jako niegroźne mole książkowe. Jest to jednak poważny błąd, gdyż filozofia Feniksów mówi, że jeśli nie da się uniknąć konfliktu, należy go rozwiązać w najszybszy możliwy sposób. Nie jedna armia została, spopielona w kilka minut, przez te „mole książkowe”. Każdy klan używa w swojej armii shugenja, ale Feniksy są armią shugenja. A kiedy ma się do dyspozycji tysiące najpotężniejszych magów Rokuganu, nic nie jest niemożliwe.

Główne Rody:

Isawa

"Każda prawdziwa wiedza kosztuje"

Kiedy Kami spadli z nieba i zaczęli tworzyć Cesarstwo, Isawa uznał się za równie potężnego co oni, zebrał swoich ludzi i udał się północne góry, gdzie zamieszkali w ukrytym mieście. Tylko śmiertelnicy mogli używać magii, co stało się dla Isawy podstawą jego dumy. Dopiero kiedy Cesarstwo najechały hordy Fu Lenga, Shiba zdołał przekonać ludzi Isawy, że upadek Cesarstwa oznacza też upadek jego miasta. Isawa jednak stwierdzil, że nigdy nie uklęknie przed kami, dlatego to Shiba ukląkł przed nim. Od tamtej pory Isawa są dominującą rodziną klanu Feniksa. Rządzeni przez Radę Pięciu Żywiołów, składającą się z najpotężniejszych Shugenja. Stosują oni pacyfistyczną filozofię, pozwalając, by to Shiba toczyli mniejsze wojny. O ruszeniu do boju całego klanu decydują rzadko, ale zawsze jest to straszny widok dla ich wrogów, a Rokugan usiany jest miejscami zniszczonymi przez armie Isawy.
W akademii Isawa często szkolą się najzdolniejsi shugenja z innych klanów i wielu shugenja nosi ich mon, uznając go za symbol swojej profesji. Równierz tylko oni opanowali magię Pustki.
Mniej znany jest fakt, że to Isawa wymyślili magię krwi (maho). Dopiero po jakimś czasie zorientowali się, że używanie jej prowadzi do skazy cienia. Wtedy to maho zostało zakazane, a w strukturach Isawa powstała specjalna komórka Inkwizytorów Isawa. Współpracują oni z Łowcami Kuni w misji tropienia sił ciemności. Lecz podczas gdy Kuni działają głównie na prowincji, Isawa wolą „polować” na dworach i w środowiskach akademickich, ze szczególnym uwzględnieniem shugenja, którzy mogli ulec pokusie (tak ogólnie, maho to jedyny rodzaj magii, którego można używać nie będąc shugenja).

Isawa Kaeda – Córka i zastępczyni Mistrza Pustki. Jest też jednym z najpotężniejszych Shugenja Pustki w dziejach, prawdziwą córką swego ojca. W wieku 14 lat zdołała zabić niedźwiedzia samym spojrzeniem. Jest też wybrańcem Wyroczni Pustki. Obecnie zaręczona z Akodo Toturim.

Isawa Uona – Mistrzyni Powietrza. W młodości szkolona w Akademii Kakita na artystkę. Wykazywała jednak talent magiczny. Duchy Powietrza same wybrały ją i poinformowały uwczesnego Mistrza Powietrza, że znalazły mu następczynię. Przez kolejne lata przygotowywała się pod jego kierunkiem, by wreszcie zająć jego miejsce. Nowa w radzie i do tego bardzo młoda Uona dopiero zdobywa wpływy i reputację.

Shiba:

"Jeśli jesteś gotów poświęcić się dla wszystkiego, świat może ci zaufać." 

Kiedy Hantei odbył swoją słynną dyskusję z Shinseiem, to Shiba spisywał jej przebieg, tworząc w ten sposób Tao Shinseia, świętą księgę Shintoizmu. Jednak ród ten znalazł swoje prawdziwe powołanie dopiero po tym, jak Shiba ukląkł przed Isawą i przyrzekł chronić jego ludzi. Zdeterminowany odpowiednio wypełnić to zadanie Shiba nakazał swoim ludziom ćwiczyć walkę. Tak powstała jedyna szkoła bushi w klanie shugenja. Shiba Bushi mają opinię jednych z najlepszych yojimbo Rokuganu (obok Seppun i Daidoji). To oni walczą dla klanu i układają plany strategiczne na wypadek wojny. Shugenja Isawy rzadko są widywani poza terytorium swojego klanu, bez towarzyszących im yojimbo Shiba. Co ciekawe, oni nie ochraniają Isawa dlatego, że lubią Isawa. Robią to dlatego, że to obiecał pierwszy Shiba. I będą to robić, czy shugenja się to podoba czy nie. Jest to o tyle problematyczne, że Shiba zupełnie nie podzielają pacyfizmu swoich podopiecznych, co jest powodem niemal ciągłych sporów między obydwoma rodami. Ostatecznie, trudno jest oddać życie za ideę pokoju, kiedy twój ochroniarz zabija wszystkich, którzy chcieliby je odebrać.
Pomimo tych sporów, Shiba nigdy nie sprzeciwią się Isawie i nie będą działać wbrew woli swoich podopiecznych.
Trochę dziwna jest rola Daymio rodu, będącego równocześnie Daymio klanu. Jest on reprezentantem klanu na zewnątrz i dowódcą wojskowym, lecz w rzeczywistości zwykle po prostu wypełnia rozkazy Rady Żywiołów. Co dziwniejsze, tytuł Daymio nie jest tu dziedziczny. Nikt poza klanem nie wie, jak wybierany jest nowy przywódca, ale zdarzały się przypadki, gdy tytuł przypadał młodym, nieznanym samurajom, a nawet dzieciom.

Shiba Tetsu-Radosny, ale skoncentrowany na swej misji. Tetsu jest jednym z lepszych uczniów szkoły Shiba Bushi, mimo młodego wieku często wymieniany jako jeden z możliwych następców Daymio.

Shiba Tsukune – Szkolona zarówno w szkole Akodo jak i Shiba, Tsukune zdołała połączyć swoje techniki ze spokojem i opanowaniem Smoków. Zyskała sobie przydomek Małego Żółwia, gdyż zarówno w walce jak i na co dzień, jest całkowicie skupiona i ukryta w swojej skorupie. Ostatnio została przydzielona jako yojimbo do Mistrza Ziemi, Isawa Tadaka.

Shiba Ujimitsu – Daymio Feniksa. To niski, niepozorny mężczyzna. W młodości był przeciętnym bushi i właściwie niczym się nie wyróżniał, aż do czasu, kiedy został Daymio. Obecnie Ujimitsu słynie jako dobry i mądry przywódca. Doprowadził armię Shiba do doskonałego stanu. Co ciekawe, często pojawiają się plotki, o dziwnych zdarzeniach dookoła daymio. Donoszono o pojawianiu się go w kilku miejscach naraz i porusza z nienaturalną szybkością.